Pierwsza nekropolia, prawdopodobnie została tam zlokalizowana w latach 80-tych XVIII wieku, jeszcze za panowania króla Stanisława Augusta Poniatowskiego. Oficjalnie, jako cmentarz parafialny zaczęła funkcjonować w listopadzie 1802 roku z polecenia pruskiego policyjnego magistratu w Sokółce. Na cmentarzu grzebano zmarłych wszystkich wyznań, poza mojżeszowym, ponieważ Żydzi mieli w Sokółce swój kirkut. Obecnie w tym miejscu mieści się cmentarz prawosławny

Po upadku powstania listopadowego w 1832 roku w mieście pojawili się carscy urzędnicy oraz garnizon wojskowy Jegierskiego Pułku Feldmarszałka Kutuzowa. Przybysze ze wschodu byli wyznania prawosławnego, zatem erygowanie parafii prawosławnej w Sokółce stało się naturalną koleją rzeczy. Było to w 1837 roku.

 W 1848 roku pułkownik Danił Jeigir i naczelnik żandarmerii Wissarion Simonow ufundowali na cmentarzu małą cerkiew. Cerkiewka była drewniana, z kamiennym fundamentem i dachem gontowym. W 1853 roku została wyświęcona cerkiew parafialna pw. św. Aleksandra Newskiego na centralnym placu miasta.

 Zdaniem władz carskich, funkcjonujący cmentarz był przepełniony. Poza tym dokonano kasaty unitów, co także miało uzasadnić konieczność osobnego grzebania zmarłych. Dlatego też w 1862 roku cmentarz ten przekazano na wyłączność parafii prawosławnej. W 1882 roku z inicjatywy protorejera Sakowicza nekropolię ogrodzono kamiennym murem. Kwatera ewangelicka z kilkunastoma grobami (w tym grób pierwszego wójta wolnego miasta Sokółka – Józefa Ksawerego Michaelisa) znalazła się poza obrębem cmentarza.

 18 sierpnia 1901 roku dziekan ks. Fiodor Zauszczyński wyświęcił cerkiew cmentarną wybudowaną w miejscu spalonej drewnianej. Świątynia stanęła na grobie prosfirini Pawły Nikołajewny Koncewicz, wdowie po duchownym. Fundatorami byli ich dzieci – Sofia i Michał. Obok cerkwi stoją trzy, rozsypujące się ceglane słupy, których historia nie jest do końca znana.

Wśród pomników znajdujących się na tej nekropoli uwagę przyciąga piękny marmurowy nagrobek lekarza Juliana Żypowskiego, oficera 63 Uglickiego Pułku Piechoty. Wojskowy lekarz zmarł śmiercią tragiczną w 1896 roku. Ten pomnik to pamiątka po tragicznej miłości do młodej sokólskiej mężatki z ul. Grodzieńskiej. Uczucie było odwzajemnione, więc zakochani postanowili odebrać sobie życie, zażywając truciznę. Żypowskiego nie odratowano, a małżeństwo zakochanej kobiety się rozpadło. Była to jedna z większych sensacji w ówczesnym sokólskim środowisku.