Cerkiew pw. św. Jana Teologa, usytuowana jest od północy przy zachodnim skrzydle klasztornym. Została zbudowana w la­tach 1889- 1891 czyli w czasie zaborów. Mnichom prawosławnym służyła do 1915 roku. W okresie międzywojennym stała zamknięta, gdyż w Supraślu nie było parafii. Podczas II wojny światowej została zdewastowana przez sowieckich żołnierzy. Dopiero w 1956 roku, po remoncie, jest wykorzystywana ponownie przez społeczność prawosławną. Jest murowana, nieotynkowana, wzniesiona na planie prostokąta, z częścią ikonostasową zamkniętą trój­bocznie.

Cerkiew p.w. św. Jana Ewangelisty wpisana jest do rejestru zabytków pod nr:  1889-91, nr rej.: 25 (31) z 16.02.1953